11SFBM - Cvičení

Znalost 3-D struktury hraje při pochopení funkce makromolekul zásadní roli. Současný výzkum je orientován ke stále komplexnějším strukturám, problémům. Počet atomů jednotlivých struktur roste, předmětem zájmu se stále častěji stávají objekty obsahující více podjednotek.

Různé grafické reprezentace umožňují komplexní struktury zjednodušovat na základní a podstatné prvky struktury. V tomto cvičení budeme používat program PyMOL (www.pymol.org).

V tomto praktiku se naučíme:

  1. využívat strukturní a jiné databáze,
  2. analyzovat strukturu makromolekuly a její detaily včetně krystalových kontaktů,
  3. analyzovat komplex mezi dvěma molekulami a vyhledávat interakce,
  4. zobrazovat mapy elektronové hustoty a interpretovat je,
  5. srovnávat více struktur podobných molekul a analyzovat rozdíly mezi nimi.

Praktikum se skládá z jedné demonstrativní úlohy a ze čtyř úloh, které student musí samostatně vypracovat a ke každé úloze předložit krátký protokol ke kontrole.

- Úkoly pro vypracování protokolu jsou uvedeny červenou barvou.

Závěrečné hodiny cvičení budou zaměřeny na studentské prezentace vybraných pokud možno aktuálních strukturních článků.

 
Vytvořil petr.kolenko - 2016.